Le traitement est d’abord médical : La mesure qui convient dans toutes les formes de la maladie est l’arrêt du tabac, ce qui contribue à la réduction de l’inflammation et à la prévention des récidives. Ensuite des médicaments seront prescrits en fonction de la mise au point et des symptômes ainsi que de leurs tolérances appréciées par le médecin dans chaque cas individuel. Parmi les médicaments actifs, il faut citer le lopéramide (Imodium®), antidiarrhéique, la sulfasalazine (Salazopyrine®) qui a un effet antidiarrhéique et anti-inflammatoire, son dérivé mésalazine (Asacol®, Claversal®, Colitofalk®, Pentasa®), les corticostéroïdes(dérivés de la cortisone), notamment le budésonide (Budénofalk®, Entocort®) qui a moins d’effets secondaires, les immunosuppresseurs : azathioprine (Imuran®), 6-mercaptopurine (Purinethol), méthotrexate (Ledertrexate®). Enfin, pour les cas très graves ne répondant pas suffisamment aux corticostéroïdes et /ou aux immunosuppresseurs, il y a l’infliximab (Remicade®) administré en perfusions ainsi que l’adalimumab (Humira®) administré en injection sous-cutanée.

Pour les complications, la chirurgie économe consistant à enlever les lésions principalement responsables de la complication est indiquée. Plus de détails ont été régulièrement donnés dans les différents articles de CROHnique. Des mesures diététiques avec éventuellement des suppléments de vitamines et minéraux sont indiquées dans certains cas de maladie étendue ou d’intestin court suite à la chirurgie.