La localisation des lésions est différente de celle de la maladie de Crohn : uniquement le rectum et le côlon, jamais au-delà. La maladie est parfois localisée uniquement au rectum (proctite ou rectite) et est moins grave que les formes s’étendant au côlon gauche et surtout que les formes s’étendant à tout le côlon. Les lésions affectent uniquement la muqueuse et pas la paroi : il s’agit d’une fragilité de la muqueuse enflammée et à un stade plus avancé d’érosions et d’ulcérations.

Les symptômes consistent en diarrhée avec présence de mucus (glaires) et de sang, et en coliques précédant les émissions. Une anémie avec altération de l’état général peut survenir, surtout dans les dormes étendues au côlon gauche ou à tout le côlon.

Des symptômes extra-intestinaux peuvent survenir comme dans la maladie de Crohn : douleurs dans les articulations, manifestations cutanées (notamment une infection grave et localisée de la peau : Pyoderma gangrenosum) et la maladie est rarement associée à une maladie du foie : la cholangite sclérosante primitive.

Les complications sont rarement une dilatation toxique du côlon (due à un toxique secondaire à l’inflammation) et dans les formes étendues à tout le côlon ou au côlon gauche, la survenue après plus de 10 ans de lésions précancéreuses (dysplasie) et parfois de cancers du côlon (d’où intérêt d’une surveillance avec suivi régulier).

Le diagnostic est basé sur l’aspect des lésions à l’endoscopie (rectosigmoïdoscopie, colonoscopie) et à l’examen microscopique (biopsies) après avoir exclu initialement une recto-colite infectieuse (par culture des selles).