Le traitement médical comprend la sulfasalazine(Salazopyrine®) et son dérivé mésalazine (Asacol®, Claversal®, Colitofalk®, Pentasa®). Dans les atteintes du rectum et du côlon gauche, la mésalazine administrée respectivement en suppositoires et lavements ou mousses a un effet anti-inflammatoire beaucoup plus puissant qu’administrée par la bouche en dragées entérosolubles (se libérant dans l’intestin) dans les poussées de la maladie. Lors de la rémission ces médicaments peuvent s’administrer par la bouche et ils permettent de diminuer le risque de récidive et peut-être, d’après certaines études, de prévenir l’éclosion de lésions précancéreuses à long terme.

Dans les poussées plus graves affectant le côlon gauche ou tout le côlon, les corticostéroïdes sont très efficaces et doivent parfois être administrés par perfusions intraveineuses associées à des transfusions (hospitalisations). Dans les formes les plus graves évoluant vers la rémission grâce à ce traitement, les immunosuppresseurs azathioprine (Imuran®) et 6-mercapto-purine (Purinethol®) sont efficaces pour prévenir la récidive. Dans certaines poussées très graves en hospitalisation, un manque de réponse thérapeutique aux corticostéroïdes après 5 jours, peut justifier l’emploi prudent de ciclosporine en perfusions ou infliximab(Remicade®) pour éviter la chirurgie si possible.